水行政处罚一般程序遵守以下步骤：

1．符合立案条件的水事违法案件，要填写《立案审批表》，及时进行立案查处。

2．指派两名以上水行政执法人员进行调查取证，执法人员与本案有直接利害关系的，应当回避。

3．依法调查案件，告知当事人要调查的范围或事项，调查结束后填写《调查（询问）笔录》和《现场检查（勘验）笔录》，笔录由调查人员签名或盖章后交被调查人核对后签名或盖章确认。

4．在收集证据过程中，要采取法定的取证方式收集证据。遇到证据可能灭失或者以后难以取得的情况时，可以先行登记保存。采取先行登记保存前，要填写《先行登记保存证据审批表》，并经水行政处罚机关批准。先行登记保存实施前，要向当事人下达《先行登记保存证据通知书》，填写《先行登记保存证据清单》，并由当事人签字后确认。水行政处罚机关应当在七日内对先行登记保存的证据作出处理决定。解除先行登记保存证据前，应向当事人下达《解除先行登记保存证据通知书》，由当事人签字确认，同时将证据清单列明的证据交由当事人并签字确认。

5．调查终结后，水政执法人员要提出书面报告。水行政处罚机关要对报告进行认真审查。需要集体讨论的要制作《集体讨论记录》。审查后作出处理决定并填写《案件处理意见书》。处理决定有以下几种方式：

（1）确有应受行政处罚的违法行为的，根据情节轻重及具体情况，作出水行政处罚决定；

（2）违法情节轻微，依法可以不予行政处罚的，不予水行政处罚；

（3）违法事实不能成立的，不得给予水行政处罚；

（4）违法行为已构成犯罪的，移送司法机关处理。

6．在作出水行政处罚决定之前，应送达《行政处罚先行告知书》，告知当事人给予水行政处罚的事实、理由、依据和拟作出的水行政处罚决定，并告知当事人依法享有的陈述、申辩权利；符合听证条件的，应当同时告知当事人有在告知后5日内要求举行听证的权利，并下达《听证告知书》。

7．当事人进行陈述和申辩的，充分听取当事人的意见，并填写《陈诉（申辩）书》，对当事人提出的事实、理由和证据进行复核。

8．依法给予水行政处罚的，应当制作《行政处罚决定书》，向当事人宣告，并当场交付当事人；当事人不在场的可采取留置送达或公告送达，7日内完成送达。

9．当事人应当在法定期限内履行水行政处罚决定。当事人对水行政处罚决定不服，在法定期限内既不依法申请行政复议也不提起行政诉讼的，水行政处罚机关有权采取强制措施的可依法采取行政强制措施，无权采取强制措施的依法申请人民法院强制执行。

10．水事案件结案后，水行政执法人员要填写《行政处罚案件结案报告》备案。